Výskyt netopýrů na území Prahy byl od začátků naší chiropterologie (vědy zabývající se netopýry) na PřF UK zaznamenáván různými autory. Teprve až v roce 2009 byla dokončena publikace kolektivu autorů, na níž mají podíl i členové ZO ČSOP Nyctalus. Řada údajů ze starších dob byla získána aktivním průzkumem netopýřích lokalit, zatímco novější data jsou často získávána i díky Vám, spoluobčanům, kteří nejsou lhostejní k netopýrům. Ať je Váš přístup jakýkoli (záchrana netopýrů nebo naopak touha zbavit se netopýrů v domě, ale aniž by se jim vážně ublížilo), vždy oceníme Vaši snahu zvednout telefon a zavolat ať už na naši organizaci nebo na ČESON (www.ceson.org).
Zde v krátkém přehledu shrneme údaje z publikace v Natura Pragensis 19 (Hanák a kol.: Fauna netopýrů Prahy: Přehled nálezů a poznámky k urbánním populacím netopýrů). Publikaci lze získat na adrese redakce: Agentura ochrany přírody a krajiny ČR, středisko Praha, U Šalamounky 41, 158 00 Praha 5.
Z Prahy je nyní doloženo s jistotou celkem 17 druhů netopýrů. Mezi nejčastěji zaznamenané patří netopýr rezavý ze 190 lokalit, n. večerní z 88 lokalit, n. vodní z 72 lokalit, n. pestrý z 71 lokalit a n.parkový z 53 lokalit. Praha je biotopově rozmanitá a nemá tak velkoměstský charakter, jako řada jiných evropských metropolí, proto je netopýří fauna poměrně bohatá (v celé ČR je 26 druhů netopýrů). Velký význam má také Vltava, a to zejména pro dálkové migranty, jako je n.rezavý, n.pestrý a n.parkový. Dalším nezanedbatelným faktorem jsou přilehlá zimoviště v Českém krasu, která využívá řada druhů.

Zde si dovolíme překopírovat z publikace poslední odstavec zohledňujícím ochranu netopýrů:
„Závěry našeho výzkumu prokázaly, že region města Prahy hostí druhově velmi rozmanitou a početně velmi bohatou faunu netopýrů, což jen doplňuje známý obraz Prahy jako lokality s neobvykle bohatou, rozmanitou a dosud dobře zachovanou biotickou složkou, která si zasluhuje velmi přísné ochrany. Netopýři patří mezi málo nápadná zvířata, která využívají různé typy úkrytů v blízkosti lidí, aniž většinou dochází k závažnějším střetům s obyvateli. Nicméně výskyt některých druhů přímo v lidských stavbách není z různých důvodů vždy vítaný, a tak je třeba uvažovat i o výchově lidí k ochraně těchto zajímavých a užitečných zvířat. Jak jsme už výše konstatovali, stala se Praha zejména v posledních letech migračním a zejména hibernačním centrem několika tažných druhů netopýrů, kteří přezimují někdy i ve značných počtech především ve škvírách a dalších nikách stěn panelové výstavby pražských sídlišť a výškových budov v centru města. V takových místech může pak docházet k likvidaci celých skupin netopýrů, zejména při zateplovacích akcích panelové výstavby. Je tedy třeba šířit mezi obyvateli vědomost o zvláštním životě a úkrytech netopýrů i o tom, že všichni zástupci jsou přísně chránění zákonem a jakékoliv zásahy do jejich života jsou nežádoucí. Netopýři jsou také potenciálně ohrožováni zejména v období jejich zimního letargického spánku, nejčastěji v podzemních úkrytech, v jeskyních, sklepích a štolách. Každé vyrušování v takových úkrytech může vést i k jejich úhynu. Praha bohužel už v současnosti nemá vhodné podzemní úkryty, kde by netopýři zimovali ve větších skupinách. Nicméně i ochrana jednotlivců ve sklepích domů je potřebná. Hlavní ochranářský zájem v Praze však musí být věnován nadzemním masovým zimovištím ve stěnách panelových domů, kde často hibernují stovky i tisíce jedinců, kteří přilétají ze svých severně či severovýchodně položených oblastí rozmnožování v Německu, Polsku, Pobaltí a Rusku. Jejich ochrana na zimovištích má tedy i celoevropský význam.”
Chráněná krajinná oblast Český kras patří mezi registrovaná zimoviště netopýrů ve střední Evropě. Český kras je největším zimovištěm netopýrů v Čechách, je zde známo přes 60 lokalit. Je jednou z prvních oblastí, kde sčítání netopýrů začalo. První proběhlo již před více než 50 lety, přesně 31.1.1955 v Srbsku v lomu Kozel (Alkazar), který je do dneška jedním z nejvýznamnějších zimovišť. Sčítání probíhá za součinnosti pracovníků CHKO Český kras, ČSS, PřF UK a ČESON.
Pro zájemce je dostupná publikace od Horáčka a kol. ve sborníku Vespertilio 5 (2001)
Účelem sčítání je jedenkrát ročně, vždy na přelomu ledna a února spočítat všechny druhy na zimovišti, určit druh, v průběhu let sledovat změny a vývoj netopýřích společenstev na jednotlivých lokalitách. Zapisuje se druh netopýra, v jaké poloze a kde zimuje, zda je zavěšený ve skupině nebo sám ve štěrbině či jiném otvoru.
Během sledovaného období bylo v Českém krasu zaznamenáno 14 druhů zimujících netopýrů a vrápenců, mnohdy až 8 druhů současně na jedné lokalitě (např. štoly v závodě Mořina). V Českém krasu se nejčastěji vyskytuje 6 druhů netopýrů: netopýr velký, n. černý, n. vodní, n. ušatý, n. dlouhouchý, vrápenec malý.
Díky sociální tradici jsou příhodná zimoviště souvisle užívaná příslušníky dané populace po mnoho desítek či stovek let. Starší jedinci mají v zimovištích několik oblíbených míst, na která se vracejí s centimetrovou přesností. Netopýři nespí celou zimu bez přerušení, občas se probouzejí, vyhledávají vhodnější místa a někdy přelétávají do jiných zimovišť. V zimovištích bývají obě pohlaví společně, v letním období samice v mateřských koloniích, samci většinou samotářsky. Některé druhy, např. netopýr vodní se na zimovištích i páří.
Co jim vadí nejvíce:
- Rušení v úkrytech – nadměrné osvětlení a hluk spojený se zvýšeným pohybem lidí.
- Zničení úkrytu.
- Kouř vzniklý zapalováním ohňů v podzemních prostorech a v jejich bezprostřední blízkosti.
- Změna charakteru úkrytu (např. změna umístění či velikosti vletových otvorů), následná změna mikroklimatu.
- Probuzení při zimování.
Ve spolupráci AOPK ČR provádí členové ČESON také sledování letního výskytu a aktivity netopýrů v 10 ti vybraných modelových území s potenciálně vysokou denzitou netopýrů a diverzitou jejich společenstev (CHKO Český kras, CHKO Český ráj, CHKO Broumovsko, CHKO Třeboňsko, NP Šumava, CHKO Litovelské Pomoraví, CHKO Poodří, CHKO Moravský kras, BR UNESCO Dolní Morava, NP Podyjí).
V Českém krasu bylo pomocí ultrazvukových detektorů zazanemnáno celkem 13 druhů (u akusticky nerozlišitelných druhů počítán jen jeden). Údaje z léta tak doplnily údaje o zimujících netopýrech, takže z oblasti je nyní známo 20 druhů netopýrů (o dalších dvou druzích, které jsou známé z nedalekých lokalit se diskutuje). http://www.ceson.org/vespertilio/12/Jahelkova2008vesp1.pdf